Выберите два файла (с нажатой клавишей Ctrl) на панели просмотра проекта -> Правая кнопка мыши -> Сравнить два файла.
Также вы можете использовать идею как внешний инструмент сравнения idea diff file1.txt file2.txt
ОБНОВЛЕНИЕ: также вы можете сравнить файлы на вкладке «Commander», просто выберите два файла на правой и левой панелях, щелкните правой кнопкой мыши на любой из них -> Compare two files