Стандартным способом является наличие файла свойств (либо java.util.Properties, либо XML), в котором хранятся данные базы данных. Это может быть доступно пользователю для записи, и пароли, хранящиеся в таком файле, должны быть зашифрованы.
Хорошая идея - дать пользователю возможность установить их из приложения, а не редактировать файл вручную.