Если ваше приложение открыто только в одиночном окне IE, вы увидите 2 процесса IExplore. У одного будет заголовок окна, то есть контейнер, а не тот, который вас интересует. Вы захотите присоединиться к другому процессу.
Конечно, это может быть несколько ограничивающим, если вы также хотите, чтобы загружались другие полезные сайты, и вы предпочитаете IE для этого (я загружаю такие сайты, как SO в FF, но MSDN, по крайней мере в прошлом, работал лучше в IE).
Sysinternal инструмент, который здесь полезен, это TcpView , наблюдая за тем, что каждый процесс iexplore соединяет с вами, можно определить, какой процесс вам нужен. Обратите внимание, что вам нужно сделать это за короткое время при любой навигации, IE через некоторое время прервет незанятые соединения.