Я бы начал с использования firebug, чтобы посмотреть на атрибуты dom вашего флажка.
Когда вы создаете флажок, вы ставите какой-либо javascript, чтобы реагировать на кого-то, кто его переключает?
Возможно, вы захотите попробовать его в разных браузерах и посмотреть, является ли это особой функцией браузера, которая поможет в устранении неполадок.