Если вы не «отмените» ожидающие изменения и регистрацию, что произойдет?
Если файлы возвращены, они были изменены. Разве это не то, что вы хотите?
Иногда я вижу, как VS / TFS устанавливает файлы в ожидании регистрации, но когда я выполняю регистрацию, список файлов очищается, и файлы не регистрируются (потому что в файлах действительно ничего не изменилось).
Возможно, вы боретесь с нерешенной проблемой.