1.- Для классов, специфичных для приложения, вы должны использовать Application_Model_Foo в качестве имени класса и расположить его в «application / models / Foo.php»
2.- Если вы хотите добавить другие пространства имен / библиотекик вашему проекту вы можете добавить их в папку / библиотекаВ случае пространства имен «My_» вы должны добавить его в папку «library / My».
Здесь вы можете взглянуть на структуру каталогов базового проекта Zend Framework:
|-- application
| |-- Bootstrap.php
| |-- configs
| | `-- application.ini
| |-- controllers
| | |-- ErrorController.php
| | `-- IndexController.php
| |-- models
| `-- views
| |-- helpers
| `-- scripts
| |-- error
| | `-- error.phtml
| `-- index
| `-- index.phtml
|-- library
|-- public
| |-- .htaccess
| `-- index.php
`-- tests
|-- application
| `-- bootstrap.php
|-- library
| `-- bootstrap.php
`-- phpunit.xml
Кстати, я бы посоветовал вам ознакомиться с кратким руководством Zend Framework: http://framework.zend.com/manual/en/learning.quickstart.html