Rails был создан для работы с Prototype для AJAX et. al., но нет никакой причины, по которой у вас есть для использования Prototype. Я сам фанат jQuery, и вы определенно можете использовать его с Rails.
Вы все еще можете подключиться ко многим работам AJAX, которые были выполнены в Rail с jQuery, не проблема.
И, как сказал kmorris, если вы используете jQuery и любую другую библиотеку javascript на том же сайте, обязательно добавьте строку jQuery.noConflict()
, иначе произойдет ОЧЕНЬ плохое.