См. Окно -> Настройки -> Java -> Компилятор -> JavaDoc
Измените предпочтение отсутствующих тегов JavaDoc на Предупреждение.
После того, как все проекты были перестроены, вы можете переключиться в представление «Проблемы» и все методы с отсутствующим JavaDoc перечислены.
HTH Tom
Редактировать: К сожалению, нет способа добавить шаблон JavaDoc ко всем отсутствующим методам за один шаг. Самый быстрый способ вставить JavaDoc - это установить курсор на объявление метода и затем использовать ярлык Shift+Alt+J