Я предлагаю изменить идентификатор старой версии (и, возможно, URI пакета EMF), чтобы вы могли иметь два кода и модели одновременно.
Поскольку вам нужно обрабатывать как старые, так и новые классы в одном и том же плагине (миграторе), вы не сможете заставить оба работать.
Однако вы должны взглянуть на технологию динамической ЭДС , где вы можете открыть старую модель без сгенерированных пакетов (с другой стороны, вы должны использовать отражающий API). Используя этот метод, вы можете написать конвертер, который откроет старую модель с помощью отражающего API-интерфейса EMF и вручную переведет его в новую версию модели.