Если бы я делал это, я бы использовал sed:
sed -e '$s/$/\n/' -s *.txt > finalfile.txt
В этом шаблоне sed $ имеет два значения, во-первых, он соответствует только номеру последней строки (в качестве диапазона строк, к которому применяется шаблон), а во-вторых, соответствует концу строки в шаблоне подстановки.
Если ваша версия sed не имеет -s
(обрабатывать входные файлы отдельно), вы можете сделать все это как цикл:
for f in *.txt ; do sed -e '$s/$/\n/' $f ; done > finalfile.txt