Плагины доступны для таких элементов; конечно они есть. То, что вы видите, это то, что плагин (как и любой другой код) волшебным образом не влияет на вновь созданные элементы. Способ работы большинства плагинов jQuery заключается в внесении изменений, иногда незначительных, а иногда и не столь незначительных, в DOM на основе элементов, выбранных селектором jQuery.
Одна из самых распространенных функций в функции обратного вызова для различных jjuery ajax API состоит в том, чтобы на самом деле применять плагины по мере необходимости к вновь загруженному контенту.
В некоторых браузерах существуют нестандартные события, касающиеся обновлений DOM, поэтому можно было бы настроить какой-либо управляемый событиями способ выполнения такой работы. Лично я не понимаю, почему это было бы лучше, чем создавать соответствующие оболочки для API ajax, чтобы делать это по мере необходимости в зависимости от потребностей вашего собственного приложения.