Это может звучать глупо, но вы копируете двоичный файл vim в / usr / bin? по умолчанию путь vim - это / usr / bin / vim. Если вы компилируете из исходного кода, вам, скорее всего, нужно либо скопировать двоичный файл vim в / usr / bin / vim (перезаписав исходный vim), либо запустить скомпилированную версию по абсолютному пути (например, ~ / vim-checkout / build /vim).
это только предположение, однако. Я не вижу в этом чего-то большего.