Что происходит, так это то, что ваш pom ссылается на javaee-api. Этот пакет не предоставляет тела методов, только заголовки. Это фактически поврежденный пакет, который «исправлен» во время выполнения при развертывании в среде JavaEE.
NetBeans предоставляет реальную реализацию javaee, а Eclipse - нет. Чтобы решить эту проблему, добавьте:
<dependency>
<groupId>org.eclipse.persistence</groupId>
<artifactId>eclipselink</artifactId>
<version>2.4.0</version>
<scope>compile</scope>
</dependency>
Это обеспечит необходимые реализации javax.persistence, и ваш код будет работать.
РЕДАКТИРОВАТЬ: (обновлен отсутствующий артефакт)
<dependency>
<groupId>org.eclipse.persistence</groupId>
<artifactId>eclipselink</artifactId>
<version>2.5.0</version>
</dependency>
выберите последнюю зависимость из здесь