По умолчанию Java не поддерживает связь с последовательными портами.Есть библиотеки, такие как RXTX, которые позволяют вам это делать, но, к сожалению, RXTX требует собственной библиотеки для конкретной платформы, чтобы использовать последовательные порты.
Дальнейшее осложнение заключается в том, что Java-апплеты по умолчанию работают в очень ограниченной изолированной программной среде., что означает, что вам нужно: а) подписать апплет и б) вручную установить необходимые библиотеки RXTX на хост-компьютере, что не очень удобно для пользователя.
Альтернативное решение обсуждается в в этом SOвопрос (короче: используйте Java Web Start, а не апплет, и все становится намного проще).