Вы можете создавать проекты установки и развертывания из Visual Studio, чтобы помочь правильно разместить приложение в IIS. Что касается настройки базы данных, вы можете подумать о написании формы настройки на вашем веб-сайте, которую можно вызвать один раз для инициализации базы данных на основе пользовательского ввода (подумайте о процессе установки из популярных проектов с открытым исходным кодом, таких как WordPress или phpBB, которые выполняют тип мастера функция).
У Скотта Гатри также есть отличная запись в блоге о создании проектов развертывания здесь