Incron не поддерживает фильтры шаблонов, поэтому вам нужно реализовать свой собственный.
Простой пример только с одним расширением файла:
Incrontab:
/watched/directory IN_ALL_EVENTS /usr/local/bin/incronfilter .pyc $# /bin/echo $@/$# $& $%
incronfilter:
#!/bin/bash
ext=$1
file=$2
shift 2
[ "$file" == "${file%$ext}" ] && $*
Надеюсь, это поможет.