Я бы порекомендовал использовать Apache Commons Daemon (или, может быть, YAJSW), чтобы создать свой собственный класс контроллера оболочки. Примером этого является , показанное здесь . Контроллер-обёртка расширяет класс Daemon Commons-Daemon и может запускаться в командной строке в виде:
java -cp . WrapperController.class -windowsStop
java -cp . WrapperController.class -windowsStart
java -cp . WrapperController.class -verify
Конечно, вы можете расширить пример, чтобы иметь собственный объект SysTray. Вы также можете реализовать свой класс контроллера в виде скрипта Beanshell, чтобы он не нуждался в предварительно скомпилированном классе для запуска.