Ошибка означает, что SolrNet истекает время при отправке документов в Solr. Тот факт, что ваш файл синонимов большой, имеет значение, если вы расширяете синонимы во время индекса (вместо этого вы можете делать это во время запроса или даже вместе), поскольку Solr потребуется больше времени для анализа входных данных.
Тем не менее, я сомневаюсь, что для одного документа истечет время ожидания. Если это произойдет, единственное, что вы можете сделать, это увеличить время ожидания. Если вы отправляете несколько документов одновременно (скорее всего), вам придется использовать уменьшение количества документов, отправляемых за один раз, то есть отправлять больше, но меньшие пакеты документов.