Вы бы просто установили значение в вашей модели или сущности в значение true, а затем передали его в FormBuilder, после чего оно должно быть проверено.
Если вы посмотрите на первый пример в документации :
Создается новая задача, затем выполняется setTask, и эта задача добавляется в FormBuilder. Если вы делаете то же самое с вашим флажком
$object->setCheckboxValue(true);
и передайте объект, вы должны увидеть флажок.
Если он не работает должным образом, вернитесь с примером кода, воспроизводящего ошибку.