Попробуйте это
System.Text.RegularExpressions.Regex.Replace([the_string], "(,)(.{2})$", ".$2")
Это должно быть сделано, если под «третьим последним символом» вы буквально подразумеваете третий-последний символ во всей строке.
Тем не менее, вам может понадобитьсянастроить, если есть новые строки - например, добавить перечисление RegexOptions.Singleline
в качестве дополнительного параметра.
Для лучшей производительности - возможно, - вы могли бы предварительно объявить регулярное выражение в теле класса:
static readonly Regex _rxReplace = new Regex("(,)(.{2})$", RegexOptions.Compiled);
Тогда, когда вы захотите использовать это просто:
var fixed = _rxReplace.Replace([the_string], ".$2");