Общие префы хранятся в папке shared_prefs внутри вашей папки data / data /. Насколько я знаю, использование SharedPreferences.Editor - единственный способ манипулировать этим файлом в нормальных условиях. Если устройство рутовано, я думаю, что вы можете просто сохранить поверх XML-файла.
Вероятно, вы могли бы взглянуть на исходный код SharedPreferences и создать себе подобный набор объектов, которые позволяют вам читать и манипулировать XML-файлами и просто записывать их в каталог с файлами вместо shared_prefs.