Если у вас много экземпляров, то у вас могут быть проблемы с чрезмерным использованием памяти и медленным временем запуска. Большая часть JRE является общей, но не все и не в общем коде приложения и ресурсах. Некоторые JRE в некоторой степени исправляют это, например, последние версии IBM JRE 6 делят скомпилированный код приложения.
Если весь ваш код написан хорошо (например, нет изменяемых статических переменных (включая синглеты)), то использование отдельного процесса не должно быть проблемой.