Clojure был разработан, чтобы охватить его хост-платформу, JVM.компилятор clojure создает файлы классов, которые когда-то были созданы, ведут себя так же, как файлы классов из любого другого источника;по сути, вы уже делаете это;)
Если вы хотите использовать класс Java, просто поместите оператор импорта в ваше пространство имен:
(ns my.project
(:import [com.them.library A B C]))
, затем извлеките
http://clojure.org/java_interop что делать дальше