Если вы собираетесь использовать какую-то архитектуру плагинов, где вы разрешаете пользователям добавлять собственные плагины в виде phar-файлов, это, безусловно, имеет смысл.Это позволяет более чистую структуру файлов, простое распространение и установку ваших плагинов / компонентов.
С другой стороны, если это приложение не будет распространяться или не будет принимать сторонние компоненты, вы просто вводите дополнительный шаг сборки в свои плагины, который не стоит того.
Но да, в вашем случае это, безусловно, имеет смысл, но имейте в виду, что не все знают входы и выходы phars, поэтому вы можете сделать экосистему плагинов / компонентов намного более сложной для начинающих пользователей.