Руководство по ссылке гласит: «В редакторе Eclipse Java можно размещать ключевые слова TODO, FIXME и XXX в комментариях, [...]», поэтому TeXlipse фактически не обещает.
В любом случае, я бы попробовал% // TODO .., может быть, просто так поддерживается.
Если это не сработает, попробуйте определить свой собственный todo-тег в "window" -> "settings" -> search: "todo"
НТН