Я бы хотел визуализировать Mathematica Graphics3D в three.js и вообще избегать внешнего интерфейса Mathematica.
Вы можете использовать JavaView для конвертации LiveGraphics3D в OBJ. Three.js поставляется со скриптом Python, который может конвертировать файлы OBJ в описание JSON, которое, в свою очередь, может быть загружено с Three.js.