В приложениях веб-сервисов я обычно не предоставляю доменные объекты сервисным клиентам, все объекты отображаются на классы DTO.Обновления выполняются путем извлечения объекта домена из базы данных, обновления его свойств из вызывающего параметра (ов) и сохранения его, все в одной транзакции.Чтобы избежать написания большого количества назначений свойств вручную, вы можете использовать что-то вроде AutoMapper для обновления сущностей домена из DTO.
То же самое можно сделать для уровня обслуживания внутри приложения.