Для дальнейшего использования:
Chmodd файл до 0660, родительский каталог до 0755 и владельцем файла должен быть пользователь apache.Для вариантов Debian (Ubuntu) это www-данные.Для CentOS его апач.
chmod 0660 /mylocation/.htpasswd
chmod 0775 /mylocation
# centOS
chown apache:apache /mylocation/.htpasswd
# ubuntu
chown www-data:www-data /mylocation/.htpasswd
Поиск нужного пользователя:
grep -e '^User' /etc/apache2/apache2.conf
grep -e '^User' /etc/httpd/conf/httpd.conf