Разобрался. В рабочей копии я выбрал корневой каталог ветви и щелкнул «Слияние» на верхней панели инструментов Cornerstone. В интерфейсе слияния выбран параметр «Синхронизировать ветвь», и Cornerstone выполняет «пробный прогон» слияния и отображает предварительный просмотр всех файлов, которые будут объединены из транка (есть поле «Слить с», которое по умолчанию используется корневой каталог соединительных линий, ^ / trunk). Отсюда просто нажали «Объединить изменения» и ветка была обновлена со всеми измененными файлами.