Внутри плагина матрица / мультиконфигурация есть поле для фильтрации комбинации, доступной из флажка комбинации.
Если вы хотите запускать только окна с платформой Windows:
label=="Windows" && (platform=="WinServer2008" || platform=="WinXP" || platform=="Win7")
Конечно, в вашем случае вам придется обрабатывать огромное выражение, но это выполнимо.
Надеюсь, это вам поможет!