То, что вы предлагаете, имеет некоторый смысл: если вам не нужны низкие частоты, вам не нужно использовать длинные сэмплы. При длинных выборках вы получаете разрешение по частоте, что может быть полезно в некоторых обстоятельствах, но вы теряете временное разрешение (в том смысле, что последовательные выборки находятся дальше друг от друга).
Несколько вещей, которые не имеют смысла:
1) использование цифрового фильтра нижних частот в вычислениях до БПФ (я полагаю, это то, что вы имеете в виду) просто занимает дополнительное время вычислений и на самом деле ничего вам не дает.
2) «Учитывая скорость Найквиста, нет смысла использовать больший размер буфера»: на самом деле это не связано. Скорость Найквиста определяет максимальную частоту БПФ, а размер буфера определяет разрешение по частоте, а следовательно, и самую низкую частоту.