Если вы хотите использовать MSBuild в качестве системы сборки для ваших проектов Visual Studio 2005, вам не нужно ничего делать. Файлы .csproj и .vbproj являются файлами MSBuild. Файлы решений Visual Studio (.sln) также можно передать в MSBuild.exe. Сборка вашего проекта с помощью Visual Studio вызывает MSBuild.
Если вам нужно написать код, который создает, изменяет и запускает файлы msbuild, для сборок Microsoft.Build. *. Dll есть классы для этого.