Я думаю, что мне удалось ответить на этот вопрос самому. После долгих размышлений выясняется, что Entity Framework (как в VS2008 SP1) на самом деле не очень хорошо поддерживает многие отношения. Фреймворк создает список объектов из другого объекта через отношения, что очень хорошо, но когда дело доходит до добавления и удаления отношений, это не может быть сделано очень легко. Для этого вам нужно написать свои собственные хранимые процедуры, а затем зарегистрировать их в Entity Framework, используя маршрут импорта функций.
Существует также еще одна проблема с этим маршрутом в импорте этой функции, который ничего не возвращает, например, добавление отношения многие ко многим не добавляется в контекст объекта. Поэтому, когда вы пишете код, вы не можете просто использовать их так, как вы ожидаете.
А пока я просто продолжу выполнять эти процедуры старомодным способом с помощью executetenonquery (). Очевидно, что лучшая поддержка для этого должна прибыть в VS2010.
Если кто-то считает, что я неправильно понял мои факты, пожалуйста, не стесняйтесь поправлять меня.