Я предполагаю, что вы на самом деле перестраиваете индекс (или переиндексируете все с нуля, а не переиндексируете отдельные документы). Пока индекс перестраивается, вы не можете выполнять запросы к нему, потому что он не находится в согласованном состоянии.
Самое простое решение, которое часто используется, - это перестроить индекс в фоновом режиме (при этом все еще выполняя запросы к старому), а затем заменить его на новый.
Если проблема, с которой вы сталкиваетесь, связана с частыми сбоями сервера, возможно, стоит взглянуть на более систематический подход, такой как тот, который реализован, например, в Zoie - он записывает последующие запросы на индексирование , поэтому он может восстановиться после последнего правильного снимка индекса.