Я могу придумать две причины для этого, возможно, обе должны быть решены. Если вы заменяете элементы обработчиками щелчков, прикрепленными при обновлении навигации, вам необходимо либо повторно применить обработчики, либо использовать динамическое связывание, которое автоматически связывает обработчик с любым элементом, текущим или будущим, который соответствует селектору.
$("#navIndex a").live('click', function() {
this.blur();
return false;
});
Во-вторых, пока вы возвращаете false в методе, который вызывает AJAX, вы не распространяете это значение обратно по цепочке вызовов. Убедитесь, что ваша функция click возвращает результат метода updateNavigation. Или просто верните false.
$("#navIndex a").live('click', function(e) { e.preventDefault; return updateNavigation($(this).attr('href')); });