[Я буду отклонен, потому что он не напрямую ответит на ваш вопрос, но увы ...]
Я также использую Eclipse WTP для своих веб-проектов, но я хочу сохранить свою собственную структуру (код IMO должен быть независимым от инструментов). К счастью, вы можете определить, где находятся различные активы, изменив файл .settings/org.eclipse.wst.common.component проекта.