Как правило, когда вы читаете массивы данных, ваш код должен выглядеть следующим образом:
for(int i = 0; i < totalNumberOfEntries; i++)
{
// read all data for this entry
var component1 = reader.ReadXXX();
var component2 = reader.ReadXXX();
// deal with data for this entry
someEntryStroage.Add(new Entry(component1, component2);
}
Скорее всего (в вашем случае я не знаю формат файла Wave) вам нужно либо прочитать пары значений Int16 (если сэмплы вместе) или считывание каналов отдельно, если данные для одного канала следуют за другим.