Если вы можете, лучше включить пакеты как svn external / git module / и т. Д. Таким образом, они всегда доступны, даже для тех, кто проверяет ваш проект.
Если не считать этого, virtualenv - лучшее решение. Вы все еще «устанавливаете» пакеты, но они добавляются в виртуальную среду (отсюда и название). Вы получаете все преимущества пакетов, установленных прямо в пакетах сайтов, фактически не добавляя ничего в пакеты сайтов.