Если я понимаю вашу проблему, вот как вы делаете это в одной строке:
@extensions{@$extension_list_reference} = ();
Примечание: каждое значение хэша пусто, но вы все еще можете проверить, существует ли ключ в хэше, используя функцию существующие , например:
if(exists $extensions{$some_key}) {...
P.S. Если по какой-то причине вам действительно нужны эти строки 'include' в качестве значений, вы также можете иметь их:
@extensions{@$extension_list_reference} = ('include') x @$extension_list_reference;