когда вы используете пакетное обновление или собственные запросы, вы обходите кэш первого уровня. Toplink не может знать, что сущности, которые у него уже есть в кеше первого уровня, были изменены. Поэтому диспетчер сущностей должен быть очищен, чтобы запрос возвратил обновленные объекты.
Но, пожалуй, лучше всего избегать пакетных обновлений. Ваш первый запрос может быть заменен запросом JPQL, который загружает продукт с заданным кодом, а затем просто обновляет сущность Product. Даже если вы сохраните запрос на обновление, он может быть написан на JPQL, а не на SQL (но у вас все равно будет проблема).
Наконец, ваши запросы должны использовать параметры, чтобы избежать инъекций и убедиться, что все правильно экранировано:
Query query1 = em.createQuery("SELECT p from Products p where p.productCode = :searchTerm);
query1.setParameter("searchTerm", searchTerm);
return query1.getResultList();