Вы можете перехватить события во флэш-памяти и затем отправить их в JS. Вы также можете поместить div перед своим flash-элементом (position: absolute) и получить события для этого.
edit: Я не уверен на 100%, что понял вашу проблему. Если бы вы могли быть более конкретным, это помогло бы