"Как проиндексировать базу данных HSQL?"
вы не индексируете базу данных, вы создаете индексы для полей в таблице.Вы можете создать индекс для одного столбца или один индекс для нескольких столбцов.
Начните здесь http://www.hsqldb.org/doc/guide/ch09.html#create_index-section
для этого есть команда.
Вы также должны прочитать
http://hsqldb.org/doc/guide/ch02.html#N1030E
раздел об индексах и скорости запросов.