CMake генерирует проект Makefile или VC ++ в зависимости от вашей платформы, поэтому вы завершите работу с Makefile после запуска CMake.
Однако упомянутый вами код не использует ни OpenCV, ни CMake, поэтому я могучего-то не хватает ...
Существует какой-то старый инструмент dsp2make для конвертации VC ++ 6 в Makefile, но я сомневаюсь, что это не составит труда.Лучше начать с CMakeLists.txt и перечислить файлы cpp, которые вы хотите скомпилировать.