Использование параметров - это не просто замена текста.Вы не можете заменить имя столбца параметром.MySQL будет интерпретировать ваш запрос так, как если бы вы написали следующее:
UPDATE user_alerts SET notif = 'notif' + 2 WHERE ( user_id = ? )
Строка 'notif'
преобразуется в ноль для добавления.
Попробуйте вместо этого запрос:
UPDATE user_alerts SET notif = notif + 2 WHERE ( user_id = ? )