Хорошей практикой будет держать ваши файлы PHP вне корневого каталога документов вашего веб-сервера.Например, если корнем вашего документа является / var / www, то у вас может быть только один файл index.php, и все, что делает этот файл, это запускает ваше приложение:
set_include_path('/something/besides/var/www');
require_once 'foo.php';
require_once 'bar.php';
do_something();
Таким образом, ваш веб-сервердаже не знает, что файлы PHP существуют, и не может их обслуживать, даже если у вас случайно неправильно настроен .htaccess.