В большинстве случаев, как это, обычно проще сделать сокращение, а не модифицировать алгоритм:
- Найдите способ изменить исходные данные в вашей задаче так, чтобы лексикографический порядок разорвал все связи (но таким образом, чтобы идеальные соответствия все же имели более высокий балл, чем несовершенные)
- Запустить измененный граф по алгоритму Куна.
- При необходимости переведите ответ обратно на исходную задачу.
Я не пытался на самом деле решить это сам или прочитать проблему подробно. Но, похоже, это учебное упражнение, и я чувствую, что этого ответа достаточно: -)