Вы можете использовать g ++ в cygwin для нацеливания на бинарный файл Linux. Это неудобно в настройке, поскольку вы заметили, что вам понадобится весь набор инструментов (а не только компилятор). Я использовал crosstool (доменное имя заставляет меня каждый раз хихикать) в прошлом с успехом. Похоже, кто-то уже сделал работу http://metamod -p.sourceforge.net / cross-compiling.on.windows.for.linux.html
Однако я никогда не предназначался для Linux из Windows. Я бы установил виртуальную Linux-коробку, намного проще, и вы, скорее всего, захотите провести тестирование на реальной Linux-системе перед запуском.
Cygwin - это не linux, поэтому вы не можете проверить свои исполняемые файлы в Linux.
Из любопытства, что мешает вам заниматься разработкой под Linux? Если сервер, на котором работает приложение, не является критически важным, вы могли бы даже разработать его там.