Конечно, GIMP можно пропатчить, возможно, просто запрограммировать на то же самое.
Я не знаю, какой пакет Scene7 вы упомянули - из того, что вы описываете, он, безусловно, может создавать «различные цветовые вариации изображения».
То, что scene7 может и, вероятно, имеет лучше, чем GIMP, является средством для легкого выбора неизменяемых областей изображения - однако. Однако, если то, что сегодня есть в GIMP, вам не подходит, по этой цене (около 4000 долларов США) вы можете нанять человека, знакомого с кодом, для реализации ваших необходимых функций.
Как только они будут реализованы, они, как и вся программа, станут свободным программным обеспечением.