Мы реализовали Slider как законченный пользовательский элемент управления (наследующий класс UserControl) с собственным внешним видом.
Возможно, вы заметили, что UserControl не показывает событие MouseWheel в окне свойств. Намек на неприятности там. Сообщение WM_MOUSEWHEEL пузырится. Если элемент управления, имеющий фокус, не обрабатывает его, Windows передает его родительскому элементу. Неоднократно, пока не найдет родительское окно, которое хочет с ним справиться. Панель в вашем случае.
Вам нужно будет вызвать немного черной магии в вашем управлении ползунком. Фактический объект args события, который передается событию MouseWheel, не относится к типу MouseEventArgs, как предполагает подпись события, это HandledMouseEventArgs. Что позволяет вам прекратить пузыриться. Как это:
protected override void OnMouseWheel(MouseEventArgs e) {
base.OnMouseWheel(e);
// do the slider scrolling
//..
((HandledMouseEventArgs)e).Handled = true;
}