В initComponent расширяющего класса содержится следующее:
this.checkBoxArray[0].on('check(this.checkBoxArray[0]', false), this.enableAllCheckboxes, this);
Он не выполняет this.enableAllCheckboxes () после снятия флажка.
Ваш код должен быть ...
ExtJS 3.x:
this.checkBoxArray[0].on('check', this.enableAllCheckboxes, this);
ExtJS 4.x:
this.checkBoxArray[0].on('change', this.enableAllCheckboxes, this);
Добавить () к функции во втором аргументе